Chuck és Sarah második egy hónapos évfordulójukat készülnek ünnepelni. A történet tavasszal Chuck pincéjében ért véget, ahol egy szuper titkos kémbázis található, mely egykor az édesanyjáé volt. Bár Sarah úgy tudja, Chuck már nem kém többé, Charmichael ügynök a nyarat édesanyja felkutatásával töltötte. Bár tovább jutott, mint édesapja, megtalálni ő sem tudta. Egyelőre.
Egy küldetés során Casey és Sarah egy orosz bűnözővel találják szembe magukat, aki egy EMP-t készül eladni. A két ügynök ezt megakadályozza, majd Moszkvába repülnek, amikor is elrabolják őket. Az ex-KGB bázisra érve összefutnak a szálak, és végül Chuck és Morgan feladata lesz megmenteni őket...
Eközben a CIA átveszi a Buy More felett az irányítást, Beckman tábornokkal az élen.